Si, ya que tus ingresos como empleado y en calidad de independiente son totalmente diferentes y hacer el doble aporte te beneficiará en cuanto a tu pensión, ya que puedes aumentar la base de cotización y en caso de un accidente o enfermedad puedes cobrar esa incapacidad como empleado o como independiente. Este pago lo realiza cada EPS y en caso de no contar con ARL quedará en la equidad de seguros.